قدمت حوزه علمیه قم در واقع به مهاجرت خاندان اشعری به قم در اواخر قرن اول و گسترش تشیع در این منطقه برمی‌گردد؛ خاندانی یمنی‌تبار که سابقه درخشانی در یاری اهل ‌بیت(ع) به ‌ویژه در جنگ صفین و قیام مختار داشتند، در پی سخت‌گیری‌های حجاج، به منطقه قم که به دست جدشان فتح شده بود و علقه‌ای با مردمش داشتند، مهاجرت کردند.
حضور پرشمار علویان و سادات نیز بر رونق حوزه علمی این شهر افزود و مزار پاک آنان به‌ ویژه مزار حضرت معصومه(س) به کانون علوم دینی تبدیل شد؛ آنچنان که امام صادق(ع) وعده داده بود: «به زودی کوفه از مؤمنان خالی و علم از آن برچیده شود و در شهری که آن را قم می‌گویند آشکار و مرکز علم و فضیلت شود».
حوزه علمیه قم در سده‌های سوم و چهارم به مرکز فقه شیعی تبدیل شده بود؛ تا جایی که نایب خاص امام زمان(عج) هم کتابش را برای تأیید به نزد عالمان قم می‌فرستاد. مکتب و حوزه حدیثی قم از مکاتب اصلی حدیثی در تاریخ علمی جهان تشیع بود.
اما در قرون بعدی با فشارهای سلاجقه، حمله مغولان و کشتار تیموریان، حوزه قم رو به زوال نهاد و مرکزیت علمی به شهرهای دیگری در عراق منتقل شد. در دوره‌های بعدی تلاش‌ها برای احیای این حوزه موفق نبود، تا اینکه توجهات به عبدالکریم حائری یزدی معطوف شد. کسی که در پاسخ به نامه علمای عراق برای بازگشت به عتبات و عهده‌گیری مرجعیت شیعه، اقامت در ایران را وظیفه خود دانست و از قرار گرفتن ایران و ایرانیان در مسیر تباهی و انحطاط فکری، اظهار نگرانی می‌کرد.
آیت‌الله حائری یک قرن پیش در قم مستقر شد و حوزه علمیه جدیدش را بنا نهاد تا وی را احیاگر و مؤسس این حوزه علمی بنامند. او مهم‌ترین مسئولیتش را مدیریت حوزه و تثبیت و پیشرفت آن می‌دانست و در این راه حتی از پذیرش مرجعیت هم کناره‌گیری می‌کرد.
آیت الله حائری آشنایی با حوزه‌های بزرگ شیعی در سامرا، نجف و کربلا را با تجاربش در حوزه اراک درهم آمیخت و به برنامه‌ریزی برای پیشرفت حوزه قم پرداخت. تحول در روش‌های آموزشی، تخصصی شدن ابواب فقه، توسعه دامنه معلومات دانش‌پژوهان و به ‌طور خلاصه تربیت محقق و مجتهد از برنامه‌های او بود و معیشت طلاب را نیز تدبیر می‌کرد.
شهر قم و حوزه علمیه‌اش همیشه با مسائل اجتماعی و سیاسی پیوند داشته است؛ چرا که از ابتدای تأسیس، شهری یکپارچه شیعه‌نشین بود و بسیاری از والیان و قاضیان شهر، حتی در دوره خلفای عباسی از شیعیان بودند. اما آیت‌الله حائری همواره از سیاست پرهیز می‌کرد و البته دلیل این امر را وضعیت جامعه و رشد فرهنگی‌- سیاسی مردم می‌دانست. گرچه شاگردش امام خمینی(ره) معتقد بود او نیز اگر در زمانه انقلاب می‌زیست، همین راه را می‌رفت و به تأسیس نظام اسلامی دست می‌زد.
در نهایت روش مدیریتی و علمی آیت‌الله حائری و شاگردانی که پرورش داد، پایه‌گذار حوزه علمیه‌ای شد که کمتر از چهار دهه بعد، علاوه بر تبدیل به بزرگ‌ترین کانون علمی شیعه در جهان اسلام، بزرگ‌ترین تحولات سیاسی قرن را رقم زد؛ کاری که به تعبیر امام خمینی(ره) اهمیتش کمتر از اصل انقلاب و تأسیس جمهوری اسلامی ایران نبود.